Если Ваш инвентарь заполнен и вы оставляете ресурсы в "верстаке" в инвентаре, то эти предметы не выпадают, и не возвращаются к вам инвентарь (поскольку места нет), а просто исчезают. Особенно это заметно, когда пытаешься перекрафтить блоки руд в 9 ед. руд или же из древесины в доски.
Пруф: https://imgur.com/ewQClfy