1) Файл minecraft.jar отсутствует из соображений безопасности (отсекаются 70% школочитов), нужные файлы ищи в других джарниках. 2) Всё делай в самом паке, остальные файлы с изменённым составом перекачиваются, а если меняешь ГУИ в игре - работает античит, и оно тоже меняется. Что тут придумать - не знаю. 3) Это опять же наша любимая защита. Никак. Только если ставить новую прозрачную текстуру на перелив. Чем смог помог, надеюсь пригодится.